Keď sa na jar roku 1945 blížila k Bratislave sovietska armáda, opustil Jozef Tiso aj s poprednými politikmi Slovensko. Politikov na úteku sprevádzali aj viacerí predstavitelia kultúrneho života, napr. správca Matice slovenskej a spisovateľ Jozef Cíger Hronský, či katolícky básnik Rudolf Dilong.
Jozef Tiso sa uchýlil pod nemeckú ochranu do rakúskeho Kremsmünsteru. Svojho tajomníka Karola Murína vyslal do Mníchova za kardinálom Faulhaberom s prosbou o bezpečný úkryt. Z troch možností sa Tiso rozhodol pre kláštor kapucínov v pútnickom meste Altötting, kde aj 1. Mája 1945 pod falošným menom dr.Jozef Táborský odchádza. Týždeň po Tisovom odchode sa Kremsmünsteru zmocnili americké jednotky a slovenská vláda sa im vzdala.
Tiso až do svojho zatknutia(10. Alebo 11. Júna 1945) neopustil brány kláštora. Slovenského prezidenta odhalil agent americkej CIC a bratislavský rodák John Spiegler. Jozef Tiso skončil najprv v prísne stráženom internačnom tábore, neskôr ho Američania vydali československej vláde.
V spomienkach Karola Murína sa dočítame, že v americkom internačnom tábore v Garmisch-Partenkirchenau nebol Tiso považovaný za nejakú prominentnú osobnosť. Viackrát bol americkými vojakmi pri výsluchu zbitý. Na inom mieste uvádza, že Jozef Tiso ho poprosil aby o tom nikdy nehovoril, tvrdiac, že „komunisti by mohli z tejto udalosti vykonštruovať protiamerickú propagandu“.
Oficiálne zatknutie sa konalo až na vajnorskom letisku v Bratislave, kde bola celá procedúra zatýkania filmovaná a vysielaná rozhlasom. Postoj bežných ľudí, ktorí boli zväčša presvedčení o nevine J.Tisa, bol zhovievavý, čo sa o československých orgánoch dá len sťažka povedať.
Samotný proces s Tisom sa konal v justičnom paláci od 2. Decembra 1946 do 15. Apríla 1947. Všetci(A.Mach, F.Ďurčanský) boli obvinení z podielu na rozbití Československa, z likvidácie demokratických práv a slobôd na Slovensku, ako aj aktívneho vystúpeniu proti SNP. Tiso a Mach boli navyše obvinení zo zavlečenia Slovenska do vojny proti Poľsku, ZSSR, USA a Veľkej Británie. A rovnako zo schvaľovania, resp. aktívnej účasti na deportáciách slovenských židov. Za každý z vynesených bodov hrozil trest smrti.
Tiso svoju obhajobu založil na teórii „menšieho zla“, pri ktorej sa snažil dokázať, že v daných podmienkach, bola jeho politika pre slovenský národ optimálna. Pri väčšine prípadov jeho obhajoba nepôsobila dôveryhodne(stres, málo času na prípravu obhajoby), hlavne pokiaľ išlo o deportácie židov. Priťažilo mu, že pri čítaní dokladov, na ktorých bol jeho vlastnoručný príkaz k založeniu ad acta, stereotypne odpovedal, že už si nepamätá.
Na rozdiel od A.Macha neprejavil Tiso ani trochu ľútosti, a naopak prehlásil, že keby mal možnosť prežiť svoj život ešte jedenkrát, postupoval by rovnako. Čo niektorí historici vysvetľujú ako prípadnú prípravu na rolu mučeníka.
Po vynesení rozsudku sa naskytala možnosť o udelení milosti, na ktoré sa predsedníctvo Slovenskej národnej rady vôbec nevyslovilo a bez návrhu ho podsunulo ústrednej vláde v Prahe. Tá po štvorhodinovom jednaní 16. Apríla 1947 rozhodla pomerom hlasou 17 proti 6 záporne. Edvard Beneš „vzhľadom k uzneseniu“ milosť dr. Tisovi neudelil.
Použitá literatúra: Kronika ľudstva, wikipédia, M.Šiška 2008 Jednohoubky z histórie